TY - JOUR AU - Gardner, M. J. AU - Hall, N. AU - Fung, E. AU - White, O. AU - Berriman, M. AU - Hyman, R. W. AU - Carlton, J. M. AU - Pain, A. AU - Nelson, K. E. AU - Bowman, S. AU - Paulsen, I. T. AU - James, K. AU - Eisen, J. A. AU - Rutherford, K. AU - Salzberg, S. L. AU - Craig, A. AU - Kyes, S. AU - Chan, M. S. AU - Nene, V. AU - Shallom, S. J. AU - Suh, B. AU - Peterson, J. AU - Angiuoli, S. AU - Pertea, M. AU - Allen, J. AU - Selengut, J. AU - Haft, D. AU - Mather, M. W. AU - Vaidya, A. B. AU - Martin, D. M. AU - Fairlamb, A. H. AU - Fraunholz, M. J. AU - Roos, D. S. AU - Ralph, S. A. AU - McFadden, G. I. AU - Cummings, L. M. AU - Subramanian, G. M. AU - Mungall, C. AU - Venter, J. C. AU - Carucci, D. J. AU - Hoffman, S. L. AU - Newbold, C. AU - Davis, R. W. AU - Fraser, C. M. AU - Barrell, B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01097 DO - 10.1038/nature01097 ID - Gardner2002 ER - TY - JOUR AU - Carlton, J. M. AU - Angiuoli, S. V. AU - Suh, B. B. AU - Kooij, T. W. AU - Pertea, M. AU - Silva, J. C. AU - Ermolaeva, M. D. AU - Allen, J. E. AU - Selengut, J. D. AU - Koo, H. L. AU - Peterson, J. D. AU - Pop, M. AU - Kosack, D. S. AU - Shumway, M. F. AU - Bidwell, S. L. AU - Shallom, S. J. AU - Van Aken, S. E. AU - Riedmuller, S. B. AU - Feldblyum, T. V. AU - Cho, J. K. AU - Quackenbush, J. AU - Sedegah, M. AU - Shoaibi, A. AU - Cummings, L. M. AU - Florens, L. AU - Yates, J. R. AU - Raine, J. D. AU - Sinden, R. E. AU - Harris, M. A. AU - Cunningham, D. A. AU - Preiser, P. R. AU - Bergman, L. W. AU - Vaidya, A. B. AU - Van Lin, L. H. AU - Janse, C. J. AU - Waters, A. P. AU - Smith, H. O. AU - White, O. R. AU - Salzberg, S. L. AU - Venter, J. C. AU - Fraser, C. M. AU - Hoffman, S. L. AU - Gardner, M. J. AU - Carucci, D. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence and comparative analysis of the model rodent malaria parasite Plasmodium yoelii yoelii JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01099 DO - 10.1038/nature01099 ID - Carlton2002 ER - TY - JOUR AU - Hall, N. AU - Karras, M. AU - Raine, J. D. AU - Carlton, J. M. AU - Kooij, T. W. AU - Berriman, M. AU - Florens, L. AU - Janssen, C. S. AU - Pain, A. AU - Christophides, G. K. AU - James, K. AU - Rutherford, K. AU - Harris, B. AU - Harris, D. AU - Churcher, C. AU - Quail, M. A. AU - Ormond, D. AU - Doggett, J. AU - Trueman, H. E. AU - Mendoza, J. AU - Bidwell, S. L. AU - Rajandream, M. A. AU - Carucci, D. J. AU - Yates, J. R. AU - Kafatos, F. C. AU - Janse, C. J. AU - Barrell, B. AU - Turner, C. M. AU - Waters, A. P. AU - Sinden, R. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - A comprehensive survey of the Plasmodium life cycle by genomic, transcriptomic, and proteomic analyses JO - Science VL - 307 UR - https://doi.org/10.1126/science.1103717 DO - 10.1126/science.1103717 ID - Hall2005 ER - TY - JOUR AU - Pain, A. AU - Böhme, U. AU - Berry, A. E. AU - Mungall, K. AU - Finn, R. D. AU - Jackson, A. P. AU - Mourier, T. AU - Mistry, J. AU - Pasini, E. M. AU - Aslett, M. A. AU - Balasubrammaniam, S. AU - Borgwardt, K. AU - Brooks, K. AU - Carret, C. AU - Carver, T. J. AU - Cherevach, I. AU - Chillingworth, T. AU - Clark, T. G. AU - Galinski, M. R. AU - Hall, N. AU - Harper, D. AU - Harris, D. AU - Hauser, H. AU - Ivens, A. AU - Janssen, C. S. AU - Keane, T. AU - Larke, N. AU - Lapp, S. AU - Marti, M. AU - Moule, S. AU - Meyer, I. M. AU - Ormond, D. AU - Peters, N. AU - Sanders, M. AU - Sanders, S. AU - Sargeant, T. J. AU - Simmonds, M. AU - Smith, F. AU - Squares, R. AU - Thurston, S. AU - Tivey, A. R. AU - Walker, D. AU - White, B. AU - Zuiderwijk, E. AU - Churcher, C. AU - Quail, M. A. AU - Cowman, A. F. AU - Turner, C. M. AU - Rajandream, M. A. AU - Kocken, C. H. AU - Thomas, A. W. AU - Newbold, C. I. AU - Barrell, B. G. AU - Berriman, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The genome of the simian and human malaria parasite Plasmodium knowlesi JO - Nature VL - 455 UR - https://doi.org/10.1038/nature07306 DO - 10.1038/nature07306 ID - Pain2008 ER - TY - JOUR AU - Le Roch, K. G. AU - Zhou, Y. AU - Blair, P. L. AU - Grainger, M. AU - Moch, J. K. AU - Haynes, J. D. AU - De La Vega, P. AU - Holder, A. A. AU - Batalov, S. AU - Carucci, D. J. AU - Winzeler, E. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Discovery of gene function by expression profiling of the malaria parasite life cycle JO - Science VL - 301 UR - https://doi.org/10.1126/science.1087025 DO - 10.1126/science.1087025 ID - Le Roch2003 ER - TY - JOUR AU - Khan, S. M. AU - Franke-Fayard, B. AU - Mair, G. R. AU - Lasonder, E. AU - Janse, C. J. AU - Mann, M. AU - Waters, A. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Proteome analysis of separated male and female gametocytes reveals novel sex-specific Plasmodium biology JO - Cell VL - 121 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.03.027 DO - 10.1016/j.cell.2005.03.027 ID - Khan2005 ER - TY - JOUR AU - Dharia, N. V. AU - Bright, A. T. AU - Westenberger, S. J. AU - Barnes, S. W. AU - Batalov, S. AU - Kuhen, K. AU - Borboa, R. AU - Federe, G. C. AU - McClean, C. M. AU - Vinetz, J. M. AU - Neyra, V. AU - Llanos-Cuentas, A. AU - Barnwell, J. W. AU - Walker, J. R. AU - Winzeler, E. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Whole-genome sequencing and microarray analysis of ex vivo Plasmodium vivax reveal selective pressure on putative drug resistance genes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1003776107 DO - 10.1073/pnas.1003776107 ID - Dharia2010 ER - TY - JOUR AU - Carlton, J. M. AU - Adams, J. H. AU - Silva, J. C. AU - Bidwell, S. L. AU - Lorenzi, H. AU - Caler, E. AU - Crabtree, J. AU - Angiuoli, S. V. AU - Merino, E. F. AU - Amedeo, P. AU - Cheng, Q. AU - Coulson, R. M. AU - Crabb, B. S. AU - Del Portillo, H. A. AU - Essien, K. AU - Feldblyum, T. V. AU - Fernandez-Becerra, C. AU - Gilson, P. R. AU - Gueye, A. H. AU - Guo, X. AU - Kang’a, S. AU - Kooij, T. W. AU - Korsinczky, M. AU - Meyer, E. V. AU - Nene, V. AU - Paulsen, I. AU - White, O. AU - Ralph, S. A. AU - Ren, Q. AU - Sargeant, T. J. AU - Salzberg, S. L. AU - Stoeckert, C. J. AU - Sullivan, S. A. AU - Yamamoto, M. M. AU - Hoffman, S. L. AU - Wortman, J. R. AU - Gardner, M. J. AU - Galinski, M. R. AU - Barnwell, J. W. AU - Fraser-Liggett, C. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comparative genomics of the neglected human malaria parasite Plasmodium vivax JO - Nature VL - 455 UR - https://doi.org/10.1038/nature07327 DO - 10.1038/nature07327 ID - Carlton2008 ER - TY - JOUR AU - Balu, B. AU - Shoue, D. A. AU - Fraser, M. J. AU - Adams, J. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - High-efficiency transformation of Plasmodium falciparum by the lepidopteran transposable element piggyBac JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0504679102 DO - 10.1073/pnas.0504679102 ID - Balu2005 ER - TY - JOUR AU - Balu, B. AU - Chauhan, C. AU - Maher, S. P. AU - Shoue, D. A. AU - Kissinger, J. C. AU - Fraser, M. J. AU - Adams, J. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - piggyBac is an effective tool for functional analysis of the Plasmodium falciparum genome JO - BMC Microbiol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2180-9-83 DO - 10.1186/1471-2180-9-83 ID - Balu2009 ER - TY - JOUR AU - Fonager, J. AU - Franke-Fayard, B. M. AU - Adams, J. H. AU - Ramesar, J. AU - Klop, O. AU - Khan, S. M. AU - Janse, C. J. AU - Waters, A. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Development of the piggyBac transposable system for Plasmodium berghei and its application for random mutagenesis in malaria parasites JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-155 DO - 10.1186/1471-2164-12-155 ID - Fonager2011 ER - TY - JOUR AU - Fraser, M. J. AU - Cary, L. AU - Boonvisudhi, K. AU - Wang, H. G. PY - 1995 DA - 1995// TI - Assay for movement of Lepidopteran transposon IFP2 in insect cells using a baculovirus genome as a target DNA JO - Virology VL - 211 UR - https://doi.org/10.1006/viro.1995.1422 DO - 10.1006/viro.1995.1422 ID - Fraser1995 ER - TY - JOUR AU - Ding, S. AU - Wu, X. AU - Li, G. AU - Han, M. AU - Zhuang, Y. AU - Xu, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Efficient transposition of the piggyBac (PB) transposon in mammalian cells and mice JO - Cell VL - 122 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.07.013 DO - 10.1016/j.cell.2005.07.013 ID - Ding2005 ER - TY - JOUR AU - Thibault, S. T. AU - Singer, M. A. AU - Miyazaki, W. Y. AU - Milash, B. AU - Dompe, N. A. AU - Singh, C. M. AU - Buchholz, R. AU - Demsky, M. AU - Fawcett, R. AU - Francis-Lang, H. L. AU - Ryner, L. AU - Cheung, L. M. AU - Chong, A. AU - Erickson, C. AU - Fisher, W. W. AU - Greer, K. AU - Hartouni, S. R. AU - Howie, E. AU - Jakkula, L. AU - Joo, D. AU - Killpack, K. AU - Laufer, A. AU - Mazzotta, J. AU - Smith, R. D. AU - Stevens, L. M. AU - Stuber, C. AU - Tan, L. R. AU - Ventura, R. AU - Woo, A. AU - Zakrajsek, I. AU - Zhao, L. AU - Chen, F. AU - Swimmer, C. AU - Kopczynski, C. AU - Duyk, G. AU - Winberg, M. L. AU - Margolis, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - A complementary transposon tool kit for Drosophila melanogaster using P and piggyBac JO - Nat Genet VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng1314 DO - 10.1038/ng1314 ID - Thibault2004 ER - TY - JOUR AU - Shendure, J. AU - Ji, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Next-generation DNA sequencing JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1486 DO - 10.1038/nbt1486 ID - Shendure2008 ER - TY - JOUR AU - Metzker, M. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Sequencing technologies-the next generation JO - Nat Rev Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2626 DO - 10.1038/nrg2626 ID - Metzker2010 ER - TY - JOUR AU - Smith, H. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identifying insertion mutations by whole-genome sequencing JO - Biotechniques VL - 50 UR - https://doi.org/10.2144/000113600 DO - 10.2144/000113600 ID - Smith2011 ER - TY - JOUR AU - Fiston-Lavier, A. S. AU - Carrigan, M. AU - Petrov, D. A. AU - González, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - T-lex: a program for fast and accurate assessment of transposable element presence using next-generation sequencing data JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1291 DO - 10.1093/nar/gkq1291 ID - Fiston-Lavier2011 ER - TY - JOUR AU - Janse, C. J. AU - Franke-Fayard, B. AU - Mair, G. R. AU - Ramesar, J. AU - Thiel, C. AU - Engelmann, S. AU - Matuschewski, K. AU - Van Gemert, G. J. AU - Sauerwein, R. W. AU - Waters, A. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - High efficiency transfection of Plasmodium berghei facilitates novel selection procedures JO - Mol Biochem Parasitol VL - 145 UR - https://doi.org/10.1016/j.molbiopara.2005.09.007 DO - 10.1016/j.molbiopara.2005.09.007 ID - Janse2006 ER - TY - JOUR AU - Sriprawat, K. AU - Kaewpongsri, S. AU - Suwanarusk, R. AU - Leimanis, M. L. AU - Lek-Uthai, U. AU - Phyo, A. P. AU - Snounou, G. AU - Russell, B. AU - Renia, L. AU - Nosten, F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Effective and cheap removal of leukocytes and platelets from Plasmodium vivax infected blood JO - Malar J VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1475-2875-8-115 DO - 10.1186/1475-2875-8-115 ID - Sriprawat2009 ER - TY - STD TI - PlasmoDB: the Plasmdium Genomic Resoure:http://www.plasmodb.org/common/downloads/release-8.1/Pberghei/, UR - http://www.plasmodb.org/common/downloads/release-8.1/Pberghei/ ID - ref21 ER - TY - STD TI - UCSC Genome Bioinformatics:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm9/bigZips/, UR - http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm9/bigZips/ ID - ref22 ER - TY - JOUR AU - Li, R. AU - Yu, C. AU - Li, Y. AU - Lam, T. W. AU - Yiu, S. M. AU - Kristiansen, K. AU - Wang, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - SOAP2: an improved ultrafast tool for short read alignment JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp336 DO - 10.1093/bioinformatics/btp336 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Li, R. AU - Li, Y. AU - Fang, X. AU - Yang, H. AU - Wang, J. AU - Kristiansen, K. AU - Wang, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - SNP detection for massively parallel whole-genome resequencing JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.088013.108 DO - 10.1101/gr.088013.108 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Boulin, T. AU - Bessereau, J. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mos1-mediated insertional mutagenesis in Caenorhabditis elegans JO - Nat Protoc VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2007.192 DO - 10.1038/nprot.2007.192 ID - Boulin2007 ER - TY - JOUR AU - Kozarewa, I. AU - Ning, Z. AU - Quail, M. A. AU - Sanders, M. J. AU - Berriman, M. AU - Turner, D. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Amplification-free Illumina sequencing-library preparation facilitates improved mapping and assembly of (G + C)-biased genomes JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1311 DO - 10.1038/nmeth.1311 ID - Kozarewa2009 ER - TY - JOUR AU - Crabb, B. S. AU - De Koning-Ward, T. F. AU - Gilson, P. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Toward forward genetic screens in malaria-causing parasites using the piggyBac transposon JO - BMC Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1741-7007-9-21 DO - 10.1186/1741-7007-9-21 ID - Crabb2011 ER -