Skip to main content

Table 4 Validation of haplotype-estimating algorithm. Known haplotype frequencies present in artificial mixtures of MSP-119 clones were compared to maximum likelihood estimates of haplotype frequencies generated using the algorithm.

From: A high-throughput method for quantifying alleles and haplotypes of the malaria vaccine candidate Plasmodium falciparum merozoite surface protein-1 19 kDa

Mixture Actual Haplotype (%) Maximum Likelihood Estimate Haplotype (%)
1 2 3 4 5 1 2 3 4 5
1 QKSNGL (70) EKSNGL (30)     QKSNGL (73) EKSNGL (27)    
2 QKSNGL (30) EKSNGL (70)     QKSNGL (37) EKSNGL (63)    
3 QKSNGL (70) ETSNGL (30)     QKSNGL (72) ETSNGL (28)    
4 QKSNGL (30) ETSNGL (70)     QKSNGL (33) ETSNGL (67)    
5 EKSSRL (70) ETSNGL (30)     EKSSRL (70) ETSNGL (30)    
6 EKSSRL (30) ETSNGL (70)     EKSSRL (29) ETSNGL (63) EKSNGF (07)   
7 QKSNGF (70) EKSSRL (30)     QKSNGF (75) EKSSRL (25)    
8 QKSNGF (30) EKSSRL (70)     QKSNGF (38) EKSSRL (62)    
9 ETSSRL (35) QKNNGL (15) QKSNGL (50)    ETSSRL (31) QKNNGL (14) QKSNGL (55)   
10 ETSSRL (15) QKNNGL (35) QKSNGL (50)    ETSSRL (14) QKNNGL (38) QKSNGL (49)   
11 QKSNGL (47) EKSNGL (20) EKSSRL (33)    QKSNGL (50) EKSNGL (21) EKSSRL (29)   
12 QKSNGL (20) EKSNGL (47) EKSSRL (33)    QKSNGL (21) EKSNGL (49) EKSSRL (31)   
13 ETSSRL (23) QKNNGL (10) QKSNGL (33) EKSNGL (33)   ETSSRL (21) QKNNGL (15) QKSNGL (31) EKSNGL (33)  
14 ETSSRL (10) QKNNGL (23) QKSNGL (33) EKSNGL (33)   ETSSRL (10) EKNNGL (30) QKSNGL (60)   
15 QKSNGL (31) EKSNGL (13) EKSSRL (22) ETSSRL (33)   EKSNGL (49) EKSSRL (18) QTSSRL (33)   
16 QKSNGL (13) EKSNGL (31) EKSSRL (22) ETSSRL (33)   QKSNGL (14) ETSNGL (33) EKSSRL (53)   
17 ETSSRL (15) QKNNGL (07) QKSNGL (22) EKSNGL (22) QKSNGF (33) QTSSRL (14) QKNNGL (07) QKSNGL (47) EKSNGF (32)  
18 QKSNGL (21) EKSNGL (09) EKSSRL (15) ETSSRL (22) QKSNGF (33) ETSNGL (17) EKSNGL (22) QKSSRL (31) QKSNGF (30)  
  1. * Haplotypes indicated in bold type are not present and represent errors in haplotype estimation.
\