Table 1 Polymorphic genes investigated, mutation sites, primers and primer sequences, PCR reaction conditions, restriction enzymes and control DNA used in this study
From: Drug resistance to sulphadoxine-pyrimethamine in Plasmodium falciparum malaria in Mlimba, Tanzania
Gene | Mutation | Primers | Primer Sequences | PCR conditions | Enzyme digest | Control DNA |
|---|---|---|---|---|---|---|
DHFR Primary |  | M1 M5 | 5' TTTATGATGGAACAAGTCTGC3' 5' AGTATATACATCGCTAACAGA3' | 94°C-3 min, 94°C-1 min, 50°C-2 min, 72°C-2 min, ×40, 72°C-10 min, 4°C-hold |  |  |
DHFR Nested | N51I | M3 F/ | 5'TTTATGATGGAACAAGTCTGCGACGTT3' 5'AAATTCTTGATAAACAACGGAACCTttTA3' | 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold | TSP509 1 | (+) K1 |
|  | C59R | F M4 | 5'GAAATGTAATTCCCTAGATATGGAATATT3' 5'TTAATTTCCCAAGTAAAACTATTAGAGCTTC3' | 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold | Xmn I | (+) T9/96 |
|  | S108N | F M4 | 5'GAAATGTAATTCCCTAGATATGGAATATT3' 5'TTAATTTCCCAAGTAAAACTATTAGAGCTTC3' | 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold | Alu 1 | (+) HB3 (+) T9/96 (+) FCR3 |
|  | I164L | M3 F/ | 5'TTTATGATGGAACAAGTCTGCGACGTT3' 5'AAATTCTTGATAAACAACGGAACCTTTTA3' | 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold | Dra I | (+) V1/S (+) HB3 (+) DD2 |
DHPS Primary |  | R2 R/ | 5' AACCTAAACGTGCTGTTCAA3' 5' AATTGTGTGATTTGTCCACAA3' | 94°C-3 min, 94°C-1 min, 50°C-2 min, 72°C-2 min, ×40, 72°C-10 min, 4°C-hold |  |  |
DHPS Nested | A437G | K K/ | 5'TGCTAGTGTTATAGATATAGGATGAGcATC3' 5'CTATAACGAGGTATTGCATTTAATGCAAGAA3' | 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold | Ava II | (+) K1 (+) FCR3 |
|  | K540D | K K/ | 5'TGCTAGTGTTATAGATATAGGATGAGCATC3' 5'CTATAACGAGGTATTGCATTTAATGCAAGAA3' | 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold | Fok I | (+) TN-1 (+) VIS (+) W2 |
|  | A581G | L L/ | 5'ATAGGATACTATTTGATATTGGACCAGGATTCG3' 5'TATTACAACATTTTGATCATTCGCGCAACCGG3' | 94°C-2 min, 94°C-1 min, 45°C-1 min, 72°C-2 min, ×35, 72°C-10 min, 4°C-hold | Bst UI | (+) K1 (+) DD2 |