Gene | Primer name | Primer sequence | PCR product length (bp) | Denaturation | Annealing | Elongation | No of cycles |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Pfmdr1 primary | MDR1 | AGAGTACCGCTGAATTATTTAG | 1472 | 94 °C, 1 min | 53 °C, 1 min | 72 °C, 1 min | 35 |
 | MDR2 | TTCATTTGATGTCATAGAATTCG |  |  |  |  |  |
Pfmdr1 nested | MDR3 | ATGTTTACCTGCACAACATAGAA | 856 | 94 °C, 1 min | 52 °C, 1 min | 72 °C, 1 min | 30 |
 | MDR4 | CATAAACATACTAATAAGTACACC |  |  |  |  |  |
Pfdhfr primary | PF1 | TTTATATTTTCTCCTTTTTA | 718 | 94 °C, 1 min | 45 °C, 45 s | 72 °C, 1 min | 35 |
 | PR1 | CATTTTATTATTCGTTTTCT |  |  |  |  |  |
Pfdhfr nested | PF1 | TTTATATTTTCTCCTTTTTA | 648 | 94 °C, 1 min | 45 °C, 45 s | 72 °C, 1 min | 30 |
 | NR2 | ACAGAAATAATTTGATACTCA |  |  |  |  |  |
Pfdhfs primary | F1 | CCATTCCTCATGTGTATACAACAC | 1167 | 94 °C, 1 min | 55 °C, 1 min. | 72 °C, 1 min. 30 s | 35 |
 | R1 | CTTGGTCTATTTTTGTTAAAACATCC |  |  |  |  |  |
Pfdhfs nested | F2 | TGGAATATTAAATGTTAATTATGA | 735 | 94 °C, 1 min | 50 °C, 45 s | 72 °C, 1 min | 30 |
 | R2 | TTTTCATTTTGTTGTTCATCATGT |  |  |  |  |  |
PfK 13 | K13_F | GCCAAGCTGCCATTCATTTG | 849 | 94 °C, 45 s | 60 °C, 1 min | 72 °C, 1 min 30 s | 35 |
 | K13_R | GCCTTGTTGAAAGAAGCAGA |  |  |  |  |  |