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Table 3 Microsatellite analysis of paired D-0 and D-R samples

From: Genetic variation and recurrent parasitaemia in Peruvian Plasmodium vivax populations

Population Case Treatmenta Dayb 14.185c 12.335 7.67 6.34 3.35 MS finald p(match)e
Padrecocha 1 5 0 269 162 102 150 125 S 0.01
    70 269 162 102 150 125   
  2 5 0 269 160 100 135 127 D  
    183 269 166 100 160 127   
  3 5 0     135   D  
    141     160    
  4 7 0 265 171 102 150   S  
    84 265 171 102 150    
  5 14 0 265 171   135   D  
    83 265 166   135    
  6 5 0 269 158 127 146 125 D  
    154 269 158 127 150 151   
  7 5 0 282 162 100 146   D  
    105 265 171 102 150    
  8 14 0 282 166 100 135 135 D  
    81 265 171 102 150 151   
  9 7 0 282 166   160   D  
    28 282 166   135    
  10 7 0 282 162 101 150 151 D  
    43 282 166 101 135 133   
  11 5 0 282 163 98 150 151 D  
    120 282 163 98 150 153   
  12 14 0 282 166   135 133 D  
    55 282 166   160 127   
  13 5 0 269 158 126 146 125 D  
    154 269 158 126 135 127   
  14 5 0 269 158 125 145 125 S 0.051
    210 269 158 125 145 125   
  15 14 0 282 166   160 125 D  
    43 282 166   135 133   
  16 7 0 282 166 102 135 133 D  
    105 269 162 102 160 125   
  17 5 0 282 166 122 150 117 D  
    53 282 166 101 135 125   
  18 5 0 269 166 101 160 127 D  
    63 282 162 101 146 125   
  19 14 0 265 171 102 150 153 S 0.02
    91 265 171 102 150 153   
  20 5 0 265 171 102 150 153 D  
    84 265 171 102 146 125   
  21 5 0 269 158 125 145 125 S 0.031
    111 269 158 125 145 125   
  22 5 0 269 158 125 145 125 S 0.031
    126 269 158 125 145 125   
  23 14 0 269 159 100 135 127 S 0.01
    73 269 159 100 135 127   
  24 5 0 265 170 102 150 153 D  
    70 265 170 102 150 125   
  25 7 0 265 170 101 150 153 S 0.01
    53 265 170 101 150 153   
  26 7 0 265 170 102 149 153 S 0.051
    76 265 170 102 149 153   
  27 14 0 265    149 153 D  
    52 265    134 131   
  28 5 0 265 170 102 149 153 S 0.051
    112 265 170 102 149 153   
  29 7 0 265 170 102 149 153 S 0.051
    80 265 170 102 149 153   
  30 14 0 265 170 102 149 153 S 0.051
    67 265 170 102 149 153   
  31 7 0 265 170 102 149 153 S 0.051
    120 265 170 102 149 153   
  32 5 0 265    136 125 D  
    63 265    134    
  33 5 0 265 170 102 150 153 S 0.01
    202 265 170 102 150 153   
  34 7 0 265    149   S  
    121 265    149 153   
Santa Clara 35 7 0 265 162 98 150 151 D  
    52 265 164 102 135 127   
  36 5 0 265 162 100 135 119 D  
    126 265 162 100 135 127   
  37 5 0 265 171 102 150 153 D  
    87 265 171 102 150 151   
  38 14 0 265 164 101 150 135 D  
    134 265 164 101 150 125   
  39 5 0 265 170 102 149 153 S 0.019
    30 265 170 102 149 153   
  40 5 0 265    160 125 D  
    38 265    160 153   
  41 14 0 265 158 125 145 125 S 0.019
    178 265 158 125 145 125   
  42 5 0 265 158 126 145 125 S 0.019
    117 265 158 126 145 125   
  43 5 0 265 170 102 149 127 S 0.019
    110 265 170 102 149 127   
  44 14 0 265 164 115 149 125 S 0.019
    32 265 164 115 149 125   
San Juan 45 7 0 265    150   D  
    28 265    135    
  46 5 0 265 162 102 150 127 D  
    43 265 171 102 150 151   
  47 5 0 265 166 122 150 127 S 0.006
    71 265 166 122 150 127   
  48 7 0 265 166 122 150 117 D  
    40 265 164 104 135 125   
  49 5 0 265 164 102 135   D  
    62 265 164 102 135    
  50 14 0 265 158 102 135 127 D  
    84 265 171 102 150 127   
  51 5 0 265 171 102 150 127 S 0.006
    70 265 171 102 150 127   
  52 5 0 265 171 102 150 151 S 0.006
    80 265 171 102 150 151   
  53 14 0 265 164 101 160 125 S 0.012
    99 265 164 101 160 125   
  54 14 0 265 158 125 149 125 D  
    144 265 158 125 145 125   
  55 5 0 265 160 102 145 151 D  
    86 265 160 102 145 151   
  56 5 0 265 162 102 135 151 S 0.006
    51 265 162 102 135 151   
  57 5 0 265 170 100 150 127 S 0.006
    53 265 170 100 150 127   
  58 5 0 265 174 100 134 119 S 0.006
    53 265 174 100 134 119   
  59 7 0 265 160   160 125 S  
    120 265 160   160 125   
  60 5 0 265 162 101 150 149 S 0.006
    72 265 162 101 150 149   
  61 7 0 265    134   D  
    99 265    134    
  62 7 0 265 170 100 159 153 S 0.006
    129 265 170 100 159 153   
  63 5 0 265 174 102 134 125 S 0.006
    42 265 174 102 134 125   
  64 5 0 265    149 121 D  
    122 265    159 121   
  65 14 0 265 166 101 134 121 S 0.006
    98 265 166 101 134 121   
  66 14 0 265 174 100 149 133 D  
    56 265 170 102 149 133   
  67 14 0 265 166 151 134 127 S 0.006
    100 265 166 151 134 127   
  68 5 0 265 158 122 149 127 D  
    113 265 158 122 149 127   
  69 5 0 265    159 121 D  
    85 265    149 121   
  70 14 0 265 166 121 134 121 S 0.006
    76 265 166 121 134 121   
  71 5 0 265   101 145   D  
    210 265 164 105 150    
  72 5 0 265 162 100 160 153 S 0.006
    162 265 162 100 160 153   
  73 7 0 265 166 99 135   D  
    71 265 162 121 149    
  74 5 0 265 164 101 160 125 S 0.012
    103 265 164 101 160 125   
  75 5 0 265 166 101 134   D  
    197 265 162 101 134    
  76 5 0 265 170 102 150 125 S 0.006
    72 265 170 102 150 125   
  77 5 0 265 166 100 160 125 S 0.006
    56 265 166 100 160 125   
  78 5 0 265    135 133 D  
    168 265    135 148   
  79 14 0 265 158 125 134 127 D  
    80 265 154 125 134 151   
  80 7 0 265 170 101 149 125 D  
    51 265 166 121 149 125   
  81 5 0 265    134   S  
    136 265    134 121   
  82 5 0 265    145   D  
    59 265    135 151   
  83 5 0 265 174 102 149 133 D  
    163 265 170 102 149 148   
  84 7 0 269 162 103 145 153 S 0.006
    168 269 162 103 145 153   
  85 14 0 269 162 100 149 148 S 0.006
    71 269 162 100 149 148   
  86 14 0 265 167 101 149 153 S 0.006
    98 265 167 101 149 153   
  87 5 0 269 162 121 149 127 S 0.006
    136 269 162 121 149 127   
  88 5 0 269 166 101 135 153 S 0.006
    79 269 166 101 135 153   
  89 14 0 271 166 101 134 121 D  
    183 276 162 100 140 148   
  90 14 0 282 162 100 160 153 S 0.006
    73 282 162 100 160 153   
  1. aTreatment given to the patient on D-0. ‘5’ represents 30 mg of primaquine for 5 days; ‘7’ represents 30 mg of primaquine for 7 days.
  2. ‘14’ represents 15 mg of primaquine for 14 days.
  3. bDay of sample collection, where ‘0’ is Day-0 (D-0) and the second day is the day of recurrence (D-R) respective to D-0.
  4. cAllele for each microsatellite loci are reported as PCR product size.
  5. dThe final determination of concordance (S = same) or disconcordance (D = different) between the two microsatellite haplotypes (D-0 and D-R). Different alleles between a pair of samples are highlighted in red.
  6. eP(match) values were calculated separately for each population and only for complete 5-locus haplotypes.