Table 1 Morphological anopheline species identification and sequencing results at the ITS2 and/or CO1 location
Morphological identification (n) | ITS2 identification (Contig number) | CO1 identification (Contig number) | Final identification (n) | Species/complex | Notes |
|---|---|---|---|---|---|
Unknown (5) | An. arabiensis (583) | An. arabiensis | An. arabiensis (5) | An. gambiae s.l. | PCR confirmed |
An. coustani (4) | An. coustani (584) | An. coustani (593) | An. coustani (4) | An. coustani s.l. | |
An. ziemanni (16)A An. tenebrosus (1)a An. pharoensis (1) Unknown (3) | An. cf. coustani 1 isolate AN6 (582) | An. coustani (593) | An. cf. coustani 1 isolate AN6 (21) | An. coustani s.l. | |
An. tenebrosus (13)a An. pharoensis (1) Unknown (5) | An. cf. coustani 2 isolate AN8 (580) | An. coustani (593) | An. cf. coustani 2 isolate AN8 (19) | An. coustani s.l. | |
An. pharoensis (1) | An. pharoensis isolate AN9 (590) | An. pharoensis (594) | An. pharoensis (1) | An. pharoensis | |
An. pharoensis (19) An. caliginosus (1) Unknown (4) | An. cf. pharoensis isolate AN-3 (581) | An. pharoensis (594) | An. cf. pharoensis isolate AN-3 (24) | An. cf. pharoensis | |
An. rufipes (1) | An. rufipes (588) | An. rufipes (597) | An. rufipes (1) | An. rufipes | |
Unknown (1) | An. rivulorum (592) | An. rivulorum (599) | An. rivulorum (1) | An. rivulorum | |
Unknown (3) | An. squamosus (585) | An. squamosus (595) | An. squamosus (3) | An. squamosus | |
An. squamosus (1) | An. sp. 16 BSL-2014 (587) | An. sp. 15 JEF-2020 isolate FLMa01407 (596) | Unknown (1) | Unknown | |
Unknown (1) | An. gabonensis (589) | An. superpictus (598) | Unknown (1) | Unknown | Low similarity |